Собно, пробовал через Гугл. С оператором "site: " Гугл отдает не более 1000 ссылок (даже если количество проиндексированных показывает 5к).
Подскажите, мож есть в паблике какой скрипт, что пробежиться по всему сайту и выдернет все внутренние ссылки?

погугли "sitemap generator" и т.п.

http://www.auditmypc.com/free-sitemap-generator.asp

Показывает, какая страница на какие ссылается, плюс можно экспортировать в разные форматы.